V stredu 13. mája 1981 pri tradičnej generálnej audiencii sa vtedy 61-ročný pápež Ján Pavol II. na otvorenom papamobile pohyboval na Vatikánskom námestí medzi pútnikmi. Krátko po tom, ako o 17.19 vzal do náručia blonďavé dievčatko, aby ho požehnal a vrátil do rúk jej rodičov, zaznel zvuk výstrelov. Pápež zasiahnutý štyrmi z nich, klesá do rúk svojho sekretára. Následne je záchrankou odvezený do rímskej nemocnice Gemelli.
Len pár dní po atentáte, 17. mája, pápež Ján Pavol II. s veriacimi pri nedeľnej poludňajšej modlitbe zaznamenanej z nemocničného lôžka povedal:
Modlím sa za brata, ktorý ma zasiahol, ktorému som úprimne odpustil. Zjednotený s Kristom, Kňazom a Obeťou, obetujem moje utrpenia za Cirkev a za svet. Tebe, Mária, opakujem: «Totus tuus ego sum».
Prvé slová takmer smrteľne raneného pápeža boli slovami odpustenia. Toto posolstvo zasiahlo srdcia celého sveta ešte mocnejšie 27. decembra 1983, keď Ján Pavol II. navštívil rímsku väznicu Rebbibia a objal Aliho Agcu, muža, ktorý sa ho pokúsil zavraždiť. Ján Pavol II. počas stretnutia povedal:
Kristus nás učí odpúšťať. Viedol Petra k tomu, že je treba odpustiť i sedemdesiatsedemkrát. Boh sám odpúšťa, keď človek na otázku položenú vo svedomí a v srdci odpovedá s vnútornou pravdivosťou a obrátením. Na Bohu ponechajme súd a rozsudok, ktorý má definitívnu povahu. A preto neprestávajme prosiť: Odpusť nám naše viny, ako i my odpúšťame našim vinníkom.
U Agcu, ktorý bol zatknutý ihneď po atentáte, našla polícia lístoček, na ktorom stálo, že na pápeža útočil „na protest proti imperialistickej politike ZSSR a USA“. Atentátnika v júli 1981 odsúdili na doživotné väzenie, milosť mu v júni 2000 udelil taliansky prezident Carlo Azeglio Ciampi na pápežovu žiadosť.
Bývalý člen tureckej pravicovo extrémistickej organizácie Siví vlci odletel po omilostení v roku 2000 do Turecka, kde bol opäť uväznený kvôli vražde ľavicového novinára Abdiho Ipekçiho z roku 1979. Trest smrti za túto vraždu medzitým zmenili na doživotie a neskôr skrátili.
V januári 2006 Agcu prepustili, údajne na základe amnestie z roku 2002 a novely trestného zákonníka. Na slobode pobudol len pár dní, než súd zrušil prepúšťacie rozhodnutie. Agcu vzápätí opäť uväznili, na slobodu sa dostal až v januári 2010. Agca, u ktorého lekári v roku 2006 zistili ťažkú poruchu osobnosti a antisociálne správanie, tak strávil v talianskom a tureckom väzení takmer 29 rokov.
